结合一些文献史料的记载和出土的壁画文物大体可以得知：由于图坦卡蒙登基时年纪非常小，只能同老臣阿伊共掌大权。他在18岁时突然死去。接下来，老臣阿伊继承了王位。对图坦卡蒙的死，历史上没有任何记录。
虽然考古学家在对他的木乃伊进行的检验时，发现他的头上有一处受伤的痕迹，但在他死以前已经部分治愈，可能是意外受伤，但也不排除被暗杀的可能，因为根据X光照片显示，他头颅后的下方有一个暗点，表示他的后脑可能有被重击的慢性创伤。而他的继任者力图抹去历史对他的记载，所以在他坟墓被发掘以前，历史很少有对他的记载。
谋杀说
自从83年前图坦卡蒙的陵墓被发现以来，关于这位少年埃及法老的死因，考古学界就一直有种种猜测，研究人员认为他可能是因为争夺继承权问题而被随后继承他的同胞阿伊杀害。由于60年代对图坦卡蒙进行医学检查和X光检测的结果表明其头骨有一处骨折，所以阿伊一直被怀疑是谋杀者。但是，上周对图坦卡蒙木乃伊的进一步更详细的检测发现，最初的怀疑是错误的，阿伊并非凶手。
疾病说
最新研究表示：木乃伊脑后的洞是在木乃伊制作过程中产生的。扫描结果显示，图坦卡蒙生前疾病缠身，脊柱严重弯曲，右脚趾趾骨严重畸形并处于处于恶化的状态，一条腿骨折;DNA检测结果显示，图坦卡蒙生前得过疟疾并患有多种遗传性疾病。综合种种，考古学家认为：图坦卡蒙是由足伤感染引发恶性疟疾而死的可能性较大。
骨骼畸形及骨折
根据研究，法老脊柱及趾骨的严重畸形会严重限制他的行动，这对于死前一年开始在外征战的法老来说，是一个触及要害的隐患。而对于法老在战场受伤造成的腿部骨折，行动不便很可能是促成这一结果的重要原因之一。
开罗大学放射学专家阿什拉夫·萨利姆，在芝加哥举行的美国放射学会年会上，公布了对图坦卡蒙木乃伊进行放射学检查的结果。报告说，检查证实木乃伊大腿部位有一处骨折，可能是图坦卡蒙在去世前不久受伤的痕迹。
图坦卡蒙是古埃及历史上一位引人注目的法老。他8岁登上王位，公元前1352年去世，死时只有19岁左右。英国考古学家霍华德·卡特1922年在埃及历史名城卢克索附近的帝王谷发现了图坦卡蒙陵墓。
墓中随葬品十分丰富，包括著名的金面罩，但陵墓空间却相对狭小。考古学家推断，图坦卡蒙可能突然死亡，仓促下葬，将就“挪用”了别人的陵寝。
英国利物浦大学专家1968年对图坦卡蒙木乃伊进行X射线扫描，在死者颅腔中发现了碎骨。这一发现为图坦卡蒙的死因又添迷雾，研究人员怀疑图坦卡蒙头部遭到猛击，遇害身亡。
这种猜测与图坦卡蒙时代政局不稳的历史背景相符。一些人猜测，图坦卡蒙逐渐长大，谋求更多自主权，与其宰相发生冲突，遇害早亡。还有一种猜测是：一位曾指责图坦卡蒙言语不敬的高级神职人员可能有谋杀嫌疑。
疟疾
最新研究表明，法老所患疟疾为脑型疟疾，是所有疟疾类型中最为严重的一种，疟原虫有可能会攻击人的大脑，造成患者神志不清甚至产生抽搐。患有脑型疟疾的病人，其病期可能长达数年。而在法老的随葬物品中，也发现了在当时用于治疗疟疾的药物。虽不能断定疟疾是造成长老死亡的直接原因，但可以肯定，在法老去世时，他仍然在忍受着疟疾带来的痛苦与煎熬。
