建文三年(1401)二月十六日，朱棣率燕师南下。二十日，燕军进抵保定，朱棣向诸将分析形势，认为野战容易，攻城艰难，如今盛庸合诸军二十万驻在德州，吴杰、平安驻在真定，我军若屯兵城下，他们必然合力援攻。坚城在前，强敌在后，此为危道。真定与德州相距二百余里，我军介于两城之中，可以诱敌出战，各个击破。于是，燕军东出移师紫围八方。三月初一日，燕军在滹沱河沿岸扎营，同时，派游骑为疑兵前往定州、真定，迷惑平安、吴杰，阻延其出师时间，以集中力量对付盛庸。二十日，盛庸率军进扎于武邑县南的夹河。次日燕军也开进于此，两军相距仅四十里。
东昌之败之后，朱棣以此为耻，与道衍和尚姚广孝商议对策。道衍强烈支持朱棣再次出兵。于是于建文三年(1401年)二月初九日，朱棣祭阵亡将士，并脱下袍子烧掉，激励军士。二月十六日，朱棣再次出师。当时盛庸驻兵二十万于山东德州，吴杰、平安驻扎在真定。朱棣决定趁南军两军分隔，先破盛庸一部。三月二十日，燕军探知盛庸在夹河(今河北省衡水市武邑县附近，漳河支流)驻扎，于是驻扎在距对方四十里的地方。
三月二十二日，燕军进兵夹河。盛庸仍结下坚阵，备大量火枪强弩。朱棣利用建文帝严禁伤害燕王之旨，亲自率几个轻骑兵掠过南军阵地侦查。盛庸不敢开枪，只得派出自己的骑兵追赶朱棣，不了了之。侦查后，朱棣率领一万骑兵和五千步兵攻击盛庸军左翼，不能入。此时燕将谭渊望见已经开战，于是主动出兵攻打。盛庸部将庄得死战，会合盛庸军，斩杀谭渊。朱棣、朱能等则趁南军调动产生的混乱，趁暮色向南军后方猛攻，斩杀庄得。盛庸稳住了阵脚，天色已晚，双方罢兵。此战杀伤相当，但燕军损失了大将谭渊。
当夜，朱棣率领十余人在盛庸营地附近露宿;三月二十三日清晨，朱棣发现被南军包围。朱棣再次利用禁杀之旨，引马鸣角，穿过敌军，扬长而去。南军愕然，不敢射箭。]朱棣回到营中，鼓励众将“两军相当，将勇者胜”，于是燕军在东北方向，盛庸军在西南方向，再次会战。燕军左右冲击，盛庸坚守，双方互有胜负。战斗打了三四个时辰后，突然刮起了强烈的东北风，尘埃蔽天。南军顶著风沙，根本没法作战;燕军则乘风大呼，纵左右翼横击之，盛庸大败，损失了数万人后，退回德州。吴杰、平安引兵准备会合盛庸，闻庸已败，退回真定。夹河之战结束。夹河之战重新确立了燕军的优势。闰三月初四，建文帝因夹河之败，再次罢免齐泰、黄子澄，谪出京城，暗中令其募兵。
击败盛庸后，朱棣进军真定。考虑到攻城较困难，决定诱敌出战。于是下令军中四出取粮，而用间谍向吴杰等透露此事。吴杰等见状，决定袭击燕军。闰三月初九，两军会于藳城，遂交战。南军列方阵，朱棣则率精锐攻其东北角以破阵。燕将薛禄由于马失足被擒，但夺敌刀斩数人后，夺马逃走。此战大量燕军被南军的火枪和弓弩所伤，朱棣的帅旗被射得像刺猬一样;但是，由于朱允炆的禁杀之旨，朱棣本人反而没事。
次日，两军再次交战。在战斗中突然又刮起了猛烈的大风，南军不能支，大败而去。燕军四面围攻，斩首六万余级。吴杰、平安等逃回真定，坚守不出。朱棣将射成刺猬的军旗送回北平，令世子朱高炽妥善保存，以警示后人。从白沟河、夹河到藳城，燕军三次得大风相助而胜，朱棣认为这是天命所在，非人力所能为。
