萨迦政权(1265-1353年)，亦称萨迦王朝，是元朝时期在西藏地区由萨迦派建立的政教合一的地方政权，驻地在后藏萨迦(今萨迦县)。萨迦政权的首领是元帝师，来自款氏家族，行政事务由本钦掌管。
历史
萨迦巴出现之前，西藏经历了三百多年的独立时期。在政治上各个部落各自为政，在文化上却是一个百家争鸣的时代，各种学说、各种教派纷纷形成。对西藏未来的历史产生了巨大的影响。藏传佛教也是在这一时期成为主导整个西藏的宗教。
1240年，正处蒙古帝国第二次西征时期，蒙古大汗窝阔台的皇子阔端派遣大将多达，率军深入西藏，企图了解西藏的政治形势和众多教派的详细情况。1244年，60余岁的藏传佛教萨迦派高僧萨迦班智达(简称萨班)受阔端的邀请，起程前往凉州。1247年，萨班与阔端会晤，并以西域学者为译师，向阔端宣讲佛法。阔端逐渐敬信并决定免除天下僧尼的赋税和兵役。阔端并为萨班建造“幻化寺”，供奉了大量的财宝，由此开始了西藏喇嘛与蒙古之间的直接交流;史称凉州会盟。1251年，萨班过世，不久后阔端亦逝。
1251年藏历铁猪年夏，由阔端之子蒙哥汗带领萨迦班智达的侄子八思巴至六盘山见蒙哥的弟弟忽必烈，被视为施主与福田。八思巴不仅向其讲述佛法，而且还解答了忽必烈所提出的许多疑难问题，使忽必烈对佛法产生虔诚的信仰。1253年，八思巴接受萨班临终前所传衣钵及法螺等物，遂成为萨迦派的新教主，史称藏传佛教萨迦派五祖。后跟随忽必烈左右。1254年，八思巴受赐“优礼僧人诏书”。
1260年(中统元年)，忽必烈在开平自立为汗， 随后并封八思巴为国师，受玉印，任中原法王，统领全国佛教。1263年，八思巴归返西藏，行前被封为藏区政教之主，受赐珠宝册印。1264年，在击败位于蒙古本土也自称大汗的胞弟阿里不哥后，忽必烈下诏设立总制院，命八思巴以国师身份兼领该院院事。总制院(1288年后改为“宣政院”)是直属中央政府管辖的国家机构，设有三个“宣慰使司都元帅府”(即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路)，负责掌管全国佛教事宜和处理管辖整个西藏地区的军政事务。宣慰使司下面则辖有管理民政的万户府、千户所，并设有院使、同知、副使等官员，下辖西藏地区各级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。总制院的设立，是以宗教领袖统治西藏地区之始。藏传佛教在忽必烈的推崇下，在社会与政治上均有极高的地位。此后诸位元帝均受藏传佛教的戒律，藏传佛教也逐渐推广到蒙古各部。
1270年，八思巴为忽必烈灌顶;忽必烈为报答他的灌顶之恩和造字之功，晋封他为帝师、大宝法王，并通过八思巴的举荐，任命了总管西藏事务的行政长官和13个万户府的万户长。 “百年之间，朝廷所敬礼而尊信之者，无所不用其极。虽帝后宾妃，皆因受戒而为之膜拜。正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐隅。”
1271年，忽必烈改国号为大元，建立元朝，而忽必烈即为元世祖，又于1279年灭掉了南宋，统治全中国。此时原蒙古帝国已分裂为元朝和四大汗国，各自为政，大蒙古国不复存在。而这时西藏则为元朝所设立的宣政院所管辖。一方面，由于元世祖及其后的元朝皇帝的大力支持，宣政院的职权一直由萨迦派所掌握，负责统治整个西藏地区。另一方面，元政府不仅成功在政治上控制了西藏，在文化和其他层面也受到西藏很大的影响，比如八思巴就曾经根据忽必烈的要求，按照藏文字母的拼音方式创造了蒙古文字，史称“八思巴文”。两者的关系是互惠的。元朝还几次派遣官员入藏，在萨迦本钦的配合下，清查西藏各地的户口，确定各个万户的贡赋，并且建立驿站以及保证驿站交通的乌拉差役制度，在此基础上，元朝在西藏驻扎军队，设立各级官府，以保证对西藏的统治和政令的推行。
元末元顺帝中后期，汉地局势混乱，萨迦派在西藏的领导地位受到新兴的帕木竹巴(元史作伯木古鲁万户)的挑战。在萨迦巴统治下的各部落中，止贡、帕竹和蔡巴三个万户长不仅辖区地广人众，占有举足轻重的地位。1358年，帕竹首领绛曲坚赞 借故挥兵进占萨斯迦，废除最后一任萨迦本钦，控制了西藏大部分地区，由此结束了萨迦巴统治西藏的时期。
