北宋宣和二年的深秋，睦州青溪帮源峒的漆园里，数百名衣衫褴褛的贫苦农民围聚在一起，方腊当众历数北宋朝廷盘剥东南百姓的种种罪状，宣告正式起兵反抗。此时距离宋徽宗在东南设立应奉局、征敛花石纲已经过去二十年，富庶的两浙大地早已被层层盘剥掏空，普通农户常年在重税之下挣扎求生，不少人家为了应付花石纲的摊派卖儿鬻女，青溪当地的漆户更是常年被造作局强取木料，辛苦劳作一年却连温饱都难以维持，方腊的一声呐喊，瞬间点燃了东南百姓积压数十年的怒火。
方腊起兵之后，短短十天之内就聚集起十万部众，他自称“圣公”，改元永乐，建立起属于贫苦民众的起义政权。义军首先在息坑全歼了两浙路常驻的五千宋军，击杀宋将蔡遵，随后一路势如破竹，接连攻下青溪、睦州、歙州，向南攻克衢州，向北横扫桐庐、富阳，兵锋直指东南最繁华的枢纽杭州。各地饱受赋税之苦的农民纷纷杀掉当地官吏开城响应，兰溪的朱言、剡县的仇道人、仙居的吕师囊等多路义军，全部打着方腊的旗号举事，整个东南大地在短短数月之间就有六州五十二县落入义军手中。
义军攻占杭州之后，立刻把矛头对准了常年盘剥百姓的贪官污吏和地主豪强，将这些常年压榨民众的既得利益者一一清算，焚烧官府官舍，打开官仓把囤积多年的粮食全部分给贫苦百姓。东南震动的消息传回汴京，宰相王黼为了粉饰太平，刻意把起义的消息压下不报，义军的势力因此得以进一步快速扩张，远至苏州、归安的民众都起兵响应，北宋在东南的统治几乎在一夜之间彻底崩塌。
直到义军兵锋逼近长江，宋徽宗才终于得知东南的乱局已经不可收拾，他急忙下旨罢免朱勔，废除为害东南二十年的花石纲，同时紧急调集驻守西北的十五万精锐边军南下，由童贯统领水陆并进围剿义军。面对北宋最精锐的正规军，缺乏正规作战训练的义军只能步步退守，在秀州、杭州接连战败，最终方腊带着残余部众退回帮源峒的深山之中，据守险峻的石洞继续抵抗。宣和三年四月，宋军在当地向导的指引下攻入帮源洞，方腊等义军核心首领被俘，持续近一年的起义最终走向失败。
方腊起义虽然最终被镇压下去，却彻底撼动了北宋在东南的腐朽统治。起义直接终结了为害东南二十年的花石纲苛政，沉重打击了东南地区的贪官污吏与豪强势力，极大削弱了北宋的国力，让本就已经摇摇欲坠的北宋王朝，此后再也无力维持此前的虚假繁荣，仅仅六年之后就在靖康之变中走向覆灭。这场东南大起义，也成了北宋末年阶级矛盾总爆发最鲜明的历史注脚。
