咸和二年的东晋建康朝堂，辅政的庾亮执意征召历阳内史苏峻入朝担任大司农，试图剥夺他手中的兵权。这道诏令成了引爆矛盾的最后导火索，本就因流民帅身份始终被东晋朝廷猜忌的苏峻，随即联合祖约在历阳起兵，这场持续一年多的叛乱，战火席卷整个江东核心区域，刚刚站稳脚跟的东晋王朝几乎走到了倾覆的边缘，成为东晋立国之后遭遇的最惨重的内部兵灾。
流民帅与中枢的猜忌死局
苏峻出身北方的流民帅，永嘉之乱后他在山东一带纠集流民修筑坞堡自保，后来率部南下渡江驻扎在江北的历阳。在王敦之乱中，苏峻率领麾下精锐渡江勤王，为平定叛乱立下大功，战后被封为历阳内史，手中掌控着一支战斗力极强的流民武装。
东晋的朝堂始终由渡江而来的门阀士族掌控，苏峻这样的流民帅始终被视作“非我族类”，既得不到士族的信任，也无法进入东晋的权力核心。苏峻自恃有功于国，又手握强兵，日渐骄纵，不断招纳各地的亡命之徒，兵力越来越强，对中枢的命令也渐渐阳奉阴违。庾亮执掌朝政之后，认定苏峻迟早要反，不顾满朝文武的反对，执意强行征他入朝，还下令将他的部曲全部拆分，彻底堵死了双方缓和的余地。苏峻深知入朝之后就是任人宰割的鱼肉，干脆联合同样对朝廷不满的祖约，以讨伐庾亮为名正式起兵。
叛军渡江攻破建康席卷江东
苏峻麾下的流民武装都是从北方战火中拼杀出来的精锐，东晋朝廷的禁军久疏战阵，根本不是对手。咸和三年，苏峻率领两万大军从横江渡江，登上牛渚山，一路势如破竹直抵建康城外。陶回曾向庾亮献计，建议在小丹杨的险峻道路上设伏，一战就能擒获苏峻，刚愎自用的庾亮却断然拒绝了这个提议，让苏峻的大军顺利从这条道路通过。
很快叛军就猛攻青溪栅，借着风势纵火，东晋朝廷的台省官署、军营寺庙全部被大火焚毁。卞壸父子率领禁军苦战而死，庾亮兄弟仓皇逃出建康投奔寻阳的温峤。苏峻的军队攻入台城之后，在宫中大肆劫掠，驱赶百官做苦役，裸剥士女，宫中的库存积蓄被抢掠一空，连宫廷里剩下的数石米都只够勉强供给皇帝的御膳。随后苏峻分兵四出，向东攻入吴地，向南席卷宣城，整个江东的核心区域几乎全部陷入战火之中，东晋的半壁江山摇摇欲坠。
叛乱平定后东晋政局的彻底转向
建康陷落之后，温峤、庾亮在寻阳推举陶侃为盟主，集结荆州、江州的精锐大军东下讨伐苏峻。双方在石头城周边展开长达数月的拉锯战，苏峻虽然骁勇善战，麾下的叛军却日渐陷入孤立，各地的勤王兵马不断赶来，江东的百姓也纷纷自发组织武装抵抗叛军。最终在一次激战中，苏峻意外被勤王军队斩杀，叛军群龙无首，很快就被彻底平定，持续一年多的苏峻之乱终于画上句号。
这场叛乱给东晋带来的打击几乎是毁灭性的，江东地区数十年休养生息积累的财富被战火焚毁殆尽，建康城几乎沦为废墟。门阀士族掌控的中枢禁军在此战中彻底覆灭，原本坐镇上游的荆州势力彻底入主中枢，东晋“王与马共天下”的脆弱平衡被彻底打破。此后东晋的皇权再也无力压制上游的方镇势力，地方强藩掌控中枢的格局就此形成，深刻影响了之后整个东晋王朝的政治走向。
