乱起
宋徽宗时，睦州青溪人方腊，原本是漆园主。相传其性情豪爽，深得人心，能号召很多生活困苦的农民。宣和二年十月初九(1120年11月1日)方腊率众在歙县七贤村起事，假托“得天符牒”，宣称：“今赋役繁重，官吏侵渔，农桑不足以供应。吾侪所赖为命者漆楮竹木耳，又悉科取，无锱铢遗。”“且声色、狗马、土木、祷祠、甲兵、花石靡费之外，岁赂西、北二虏银绢以百万计，皆吾东南赤子膏血也!”“独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得，诸君以为何如?”青溪的农民闻风响应，人数到达万人，其军尊称方腊为“圣公”，改元“永乐”。
宣和二年，宋徽宗下令停运花石纲，又以童贯为江浙宣抚使，谭稹任两浙路制置使。
宣和二年十一月二十二日方腊军在青溪县息坑(今浙江淳安西)全歼两浙路常驻官军五千人，兵马都监察颜坦被杀，继续攻陷青溪，俘获县尉翁开，十二月初，克睦州，又下歙州，直趋当时花石纲指挥中心的杭州。处州霍成富、陈箍桶等人皆加入战局，衢州摩尼教的组织亦起兵响应。方腊军在极盛之时建立了包括今江苏省、浙江省、安徽省、江西省的六州52县在内的政权，在当时对宋朝威胁极大。
十一月二十九日，方腊军攻入杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，掘蔡京父祖坟墓。这时太学生吕将建议，先进兵江宁府(今江苏省南京市)，据长江天险，以阻止官军过江。方腊不听，准备进攻后婺州、衢州。宣和三年正月，童贯与谭稹分兵两路，分别向杭州和歙州进击，预计在睦州会合。
宣和三年正月，方腊派遣方七佛北上，攻陷崇德县，进入湖州(辖区在今浙江省湖州市)境内，与王禀的东路军激战，方七佛战败，退守杭州。这时方腊攻下婺(今浙江金华)、衢(今属浙江)两州。二月方七佛部粮尽援绝，被迫退出杭州。三月方七佛再犯杭州，王禀与之战于城外，斩首五百级。又战于桐庐，王禀连败之。
逆转
杭州一战，逆转整个战局。刘镇部攻陷歙州，刘光世部收复兰溪县，王禀部收复青溪县，郭仲荀部收复上虞县。四月初二日，官军攻下衢州，摩尼教教主郑魔王被俘。童贯以中军驻守杭州。此时方腊残军尚有二十万，虽力战而败，逃入帮源洞，深据其中，官兵不敢入。
宣和三年(1121年)四月二十四日，官军发动总攻击。王渊的裨将韩世忠，潜行清溪溪谷，向一妇人问路，前捣清溪帮源洞，生擒方腊，后来忠州防御使辛兴宗领兵截住洞口，占为己功。方腊及其相方肥等五十二人被俘，七月戊子，童贯俘方腊送往首都汴京，八月二十四日丙辰伏诛。该月童贯加太师，进封楚国公。
余战
方腊余党散走浙东，五月，俞道安自温州永嘉县楠溪攻占乐清县，由郭仲荀与姚平仲继续围剿，宋军姚平仲部攻陷台州仙居。六月，吕师囊转战黄岩，被宋军折可存部击灭于断头山。七月，俞道安部转战处州，十月战死于永康县山区。宣和四年三月全部平乱。
结局
方腊之乱，“凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出，裸而缢于林中者，相望百余里。”
