背景
东晋时期，五斗米道信仰在高门、皇族之间流行，甚至孝武帝司马曜也受其影响，所以政权不但不限制五斗米道的发展，反而助长了其势力。也许当权者只是沉迷于五斗米道的上章、符水等道术，完全没有想到其为政权的崩溃埋下了伏笔。
东晋晚期，五斗米道的教团之中流行名为《女青鬼律》的道书，其中提出了一个庚子年的末世预言，说那时会出现战乱等大动荡，除了所谓“种民”的特定群体之外，几乎都难以幸免。例如，《女青鬼律》卷五说，“庚子之年其运至，千无一人可得脱” 。东晋末期的庚子年，就是隆安四年(400年)。
孙恩，琅邪(山东临沂)人，字灵秀。家族世代奉行五斗米道，以钱塘五斗米道首领杜子恭为师。其叔父孙泰，在王恭叛乱时，以为东晋快要覆亡，故此煽动百姓，招集信众，准备起义，获很多三吴地区人民响应。但后来遭到会稽内史谢??揭发，孙泰因而在398年被司马道子处死。孙恩等余众百余人流亡舟山群岛，伺机复仇。
399年，掌握东晋朝廷大权的司马道子父子下令强征浙东八郡“免奴为客”的丁壮到建康(今江苏南京)当兵，谓之“乐属”，群情激忿，孙恩看准当时人心不稳，于是起兵叛晋。
孙恩先与部众登陆进攻上虞(今浙江上虞)，杀上虞县令，接着就进攻会稽郡城山阴(今浙江绍兴)，又杀太守王凝之。由于三吴地区少有战乱，人们都没备战，故此各郡县的驻军都望风溃散。吴国内史桓谦、临海太守司马崇及义兴太守魏隐都弃郡城出逃。而当时会稽、吴郡、吴兴、永嘉、义熙、临海、东阳及新安共八郡都同时有人举兵响应孙恩，孙恩的部众就因而暴增至数十万人。孙恩在会稽自称征东将军，强逼人们担当自己官属，将他的团体叫做“长生人”，又大行杀戮及四处放火、抢掠。
由于当时三吴地区已成东晋朝廷的命脉，东晋朝廷即命徐州刺史谢琰率军讨伐孙恩，兖州刺史刘牢之亦率军进攻三吴。谢琰先下义兴郡，迎太守魏隐还郡，后又击败吴兴郡的孙恩部众，与刘牢之两军共进之下，很快就兵临钱塘江。孙恩初时自以为能乘八郡响应的声势拿下建康，但至刘牢之率军渡过钱塘江时，孙恩就带着二十万部众东走，并乘刘牢之军队抢夺部众留下的人口和货物时争取时间逃走，终逃到海岛之上。接着孙恩于各郡的余部都被消灭，朝廷因为担心孙恩会再来袭，于是留谢琰驻防会稽。
孙恩于400年再次进攻，并进军至离山阴三十五里的邢浦。谢琰虽然一度派刘宣之击退孙恩，但不久孙恩又再来攻，并击败晋军，终于7月7日攻至会稽，谢琰出战但战败，反被帐下督张猛所杀。朝廷对谢琰战死大为震动，又派了冠军将军桓不才、辅国将军孙无终及宁朔将军高雅之抵抗孙恩，战事一直持续到十一月，刘牢之率军进攻孙恩，逼其再次撤回海岛。
401年二月，孙恩再度登陆，进攻句章(今浙江宁波市)，为刘牢之所败，又再撤回海上。孙恩于是转攻北面的海盐(今浙江海盐)。晋将刘裕于是到海盐筑城抵抗，并屡次击败孙恩。孙恩知道无法取胜，于是改攻沪渎。吴国内史袁山松于上一年就已修筑沪渎垒(今上海)以抵御孙恩进攻，但孙恩还是攻下了沪渎垒，四千人战死，袁山松亦遇害。
六月，孙恩循海道到达丹徒县(今江苏镇江市丹徒区)，时已有十多万兵，千多艘楼船。孙恩临近的行动震动了建康，朝廷次日就下令建康内外戒严，百官入居台省，城内各军亦驻守要地，豫州刺史司马尚之也率军入卫建康。孙恩在丹徒登陆，却遭自海盐追来的刘裕率军击败，更有很多人堕崖遇溺，孙恩亦只得逃返船上。孙恩仍自恃部众人数多，于是不久就决定重整旗鼓进攻建康。建康民众知孙恩逼近都十分恐惧，而孙恩原想攻其不备，但楼船因为遇风而要慢行，令到临近建康时司马尚之已经入驻建康，刘牢之亦自会稽赶来。孙恩于是不敢继续前进，反北走郁洲(今江苏灌云县东北)，解除了建康的危机。
及后刘裕率兵讨伐，多次战斗后大破孙恩军，孙恩实力于是由盛转衰，被逼沿海退走，刘裕亦率军追击，于十一月在沪渎、海盐再败孙恩，孙恩人员的损失数以万计，被逼再次退守海岛。元兴元年(402年)，孙恩再攻临海郡，临海太守辛昺击败孙恩，孙恩眼见他的部众已经所余无几，为免被晋军生擒，于是投海自杀，时有数百人随他一同自杀，孙恩之乱至此结束。
卢循之乱
卢循本是门阀士族范阳卢氏的子弟，是晋司空从事中郎卢谌的曾孙。不过卢谌及其家人在永嘉之乱后留在北方，其本人更在后赵任官，并在该国末年的战乱中丧生，故卢循家族并没有像琅琊王氏等士族般早在东晋建立前已南渡，而是在东晋中叶才南渡。不过于《晋书》等史籍中都未见卢循及卢循父出任官职。
卢循娶了孙恩的妹妹，就在孙恩自杀后，其残余部众就推卢循为主。当时当政的桓玄为安抚经受过三年战乱的三吴地区，于是任命卢循为永嘉太守。卢循亦接受任命。
卢循虽然已经成为朝廷官员，但其部众仍旧作乱。403年，刘裕于永嘉郡击败卢循，并追击至晋安郡，卢循唯有循海道向南逃走。
404年，卢循到达南海郡，并登陆进攻，兵向广州治所番禺(今广东广州市)。广州刺史吴隐之坚守城池百日，于11月26日因卢循夜袭而失陷。
卢循入城后焚烧府舍及民居，生擒吴隐之，并自称平南将军，摄广州事。另一方面，卢循又命姐夫徐道覆攻下始兴郡。
次年(405年)，卢循派使者向东晋进贡，当时东晋朝廷才刚刚消灭了桓振领导的桓氏残余势力，无力讨伐卢循，于是分别授予卢循和徐道覆广州刺史及始兴相职位。卢循于是获得了广州作为其根据地。
409年，刘裕亲率军队北伐南燕，徐道覆听闻后就劝卢循乘虚袭击建康，但卢循拒绝。徐道覆于是亲往番禺游说卢循：“到来五岭之外的原意，哪会是以此为最终目标，并一直传给子孙呢?就只是因为难以与刘裕为敌而已。现在刘裕驻军坚固的城池之下，不知何时才回来，我凭着手下这一群思念故土的人，袭击何无忌、刘毅这些人简直是易如反掌。不把握这机会而苟求一日安定，朝廷就一直视你为心腹之患;若果刘裕取胜后休兵一会，然后下书征召你，刘裕就会自驻豫章，派精兵来这，那即使以你的神武，也恐怕挡不住了。今日这个机会一定不可错失，若果先取建康，破坏了他的根本，刘裕即使南归也无所作为。你若果不肯，我就只好自率始兴兵力直指寻阳(今江西九江市)。”卢循至此虽然不愿，但因无法驳倒徐道覆，只好听从。
徐道覆其实早已命人在南康山砍伐木材以制作船舰，并在始兴贱卖，吸引民众争相交易，于是令木材大量积聚亦无人怀疑。
至410年卢循及徐道覆决定起兵时，徐道覆就拿这些囤积的木材去造舰，十日就完成了，于是卢循就率军进攻长沙郡，击败了荆州刺史刘道规派出的军队;徐道覆就攻南康、庐陵及豫章三郡，各郡守相都弃郡逃走，徐道覆于是沿赣江北上，进攻寻阳，并自此取道入长江，进攻建康，船队都很强盛。
江州刺史何无忌知徐道覆率军北上，就自寻阳率军抵抗，当时长史邓潜及参军殷阐都劝何无忌不要轻易与其决战，应固守城池以御徐道覆，但何无忌拒绝。
5月9日，何无忌与徐道覆于豫章作战，徐道覆置强弩兵于西岸小山射击何无忌军，适逢当时吹大西风，何无忌的所乘的小船被吹向东岸，徐道覆于是就以他的大船逼向何无忌的船，终令何无忌军溃败，何无忌执节战死。
早在卢循及徐道覆进攻江州时，朝廷就已经急急征召仍在南燕都城广固(今山东青州市西北)的刘裕回朝，当时刘裕已灭南燕，正打算进攻后秦，闻讯后就率军南归。而何无忌战死的消息更是震动朝廷，当时更有人建议带着晋安帝逃离建康，往刘裕那里去;只在知道徐道覆并没有立刻进攻建康才没有实行。刘裕知何无忌战死后亦加快速度，至5月20日就已返回建康。
豫州刺史刘毅在卢循起兵时患病，至此时病愈，于是自姑孰(今安徽当涂县)率二万水军讨伐卢循。卢循击败刘道规所派军队后就兵向荆州治所江陵(今湖北江陵)，徐道覆则派人向卢循传话：“刘毅的士兵很强盛，成败就看这一战了，我们应该合力消灭他;若果此战获胜，不愁拿不下江陵呀。”卢循因而与徐道覆会合，一同迎击刘毅。两军于桑落洲(今江西九江县东北江中)大战，刘毅被击败，与数百人向建康撤退留下的大量军用物资及士兵全被卢循军接收。
卢循从俘获的刘毅士兵口中得知刘裕已经返回建康，十分恐惧，于是想退守寻阳并拿下江陵，以荆江二州对抗朝廷;然而徐道覆则想乘胜进攻，两种建议争持了数日，卢循才听从徐道覆的建议。而刘毅战败的消息亦再次震动建康，因当时建康守军才数千人，而卢循却有十多万人，更有十二丈高楼船。当时诸葛长民及孟昶就主张与晋安帝移驻江北作躲避，但刘裕坚决反对，认为人心惶惶，朝廷一旦有变动，国家就会土崩瓦解。孟昶坚持不果，自以为朝廷必败，于是自杀。
7月1日，卢循到达秦淮河口，刘裕驻屯石头城，其余诸将亦各有屯守。军力布置完成后，刘裕就观望卢循军，并向将佐表示若卢循军于新亭(今江苏江宁县南，石头城南)直攻建康，那就不能抵挡，需要回避，且胜负难料;但若果驻泊蔡洲(今江苏江宁县西南江中)，他们就必然成擒。当时徐道覆就向卢循建议由新亭至白石(今江苏南京石头城东北)之间登陆，兵分数道进攻刘裕;然而卢循为得万全之策，不愿立即开战，反想按兵等待晋室自溃。
刘裕知卢循已停驻蔡洲，而石头城的士兵都已完成集结，于是用虞丘进的计策，砍伐树木建立木栅封锁石头城及秦淮河口作防守，又修筑了越城(今江宁县南)，并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以防备敌军。卢循及后伏兵秦淮河口南岸，命老弱兵众佯攻白石，声言要率全军自白石攻建康。刘裕当时亲率刘毅及诸葛长民去抵御进攻白石的军队，留沈林子及徐赤特留戍南岸，并命令他们要坚守。卢循及后就焚查浦垒，进军至张侯桥，徐赤特违命出战，被卢循预设的伏兵所败，沈林子于是与刘锺据守木栅抵御卢循军，在得朱龄石救援后终逼退卢循军。而卢循在此时就自率精兵进攻丹杨郡城。刘裕回军石头城时斩杀徐赤特，稍事休息后就出阵秦淮河南岸，卢循当时攻略各县都掠夺不了物资，自感无力再战，于是决定退兵寻阳，尽力夺取荆州。8月25日，卢循率军退回寻阳。
当时西蜀王谯纵乘东晋内乱出兵，命谯道福及桓谦率军进攻荆州，并请得后秦派了前将军苟林助战。当时荆州刺史刘道规派了司马王镇之领军入援建康，但王镇之在寻阳就被苟林击败，卢循因而以苟林为南蛮校尉，并分配兵力给他作支援，命他进攻江陵，并假称徐道覆已经攻下建康。苟林驻于江陵以南的江津，而桓谦成功招集了二万个仍支持桓氏的人，驻屯于枝江(今湖北枝江县)，严重威胁江陵，而城中士民亦多怀异心，更有人与桓谦通讯，告诉他城内虚实，作为内应。时雍州刺史鲁宗之率数千人支援江陵，刘道规命鲁宗之守城，自己就率军进攻桓谦，水陆并进，大败桓谦并斩杀他。接着刘道规转攻苟林，苟林兵败出逃，刘道规派了咨议参军刘遵追击，于巴陵(今湖南岳阳)斩杀苟林。
十月，徐道覆率兵三万进攻江陵，兵至破冢(今湖北江陵东南)。当时鲁宗之已返回襄阳(今湖北襄阳)，刘道规追召也赶不回来，令江陵人心再次不稳，然而因为刘道规击败桓谦后焚毁搜得的江陵通敌书信，人民因他的恩德而没有离心。刘道规亲自率军于豫章口(今湖北江陵东南)迎击徐道覆，又命刘遵作为游军。刘道规所派的前锋虽然失利，但主力接战之时，刘遵所率的游军则自侧横击，于是大破徐道覆，杀万多人，死伤惨重，徐道覆逃至湓口(今江西九江县西)。
卢循回寻阳后，江州刺史庾悦以虞丘进为前躯，屡败卢循兵，并进占豫章(今江西南昌)，断卢循粮道。而卢循当日自蔡洲撤军时，留将范崇民率五千人及百多艘高舰据守南陵(今安徽繁昌县东北)，而刘裕亦派王仲德等人追击，皆为范崇民所阻。11月26日，刘裕自建康出兵讨伐卢循，王仲德知大军在后，于是与刘锺共攻范崇民。十一月，范崇民兵败逃走。刘裕及后进军雷池，并于411年1月11日至大雷进逼卢循。次日卢循及徐道覆率数万人塞江而下，刘裕于是尽出轻舰，率各军合力进攻，并以劲弩压逼卢循军，逼卢循将船舰都泊在西岸，而时驻于西岸的晋军就向船舰施以火攻，于是大败卢循，逼其退还寻阳。卢循及后进至豫章，并尽力以木栅阻断左里(今鄱阳湖口)。411年1月28日，刘裕率军至左里，为木栅守军所阻，于是下令进攻，卢循兵众虽然已经奋力作战，但都不能抵挡刘裕的攻击，卢循再败，数万人阵亡。卢循只得返广州，并在沿途收集流散的兵众，又得数千人。徐道覆亦败归始兴郡。
刘裕在卢循撤还寻阳后就大治水军，并命建威将军孙处及振武将军沈田子率兵三千，循海道袭取番禺，并于同年十一月攻下番禺，诛杀其党众，沈田子又北上进攻其余诸郡。而在卢循败于左里后南归广州，刘裕亦派了刘藩及孟怀玉追击。411年3月15日，孟怀玉攻克始兴郡，杀徐道覆。卢循于三月回到番禺后围城试图夺回番禺，但孙处抵抗了二十多日，待至四月沈田子援军赶至，卢循战败逃走。沈田子又与孙处追击，先后在苍梧、郁林及宁浦三郡击败卢循，只因孙处患病才停止追击，卢循于是投奔交州。
卢循在交州攻陷合浦郡，并攻向交州治所龙编(今越南河内)。卢循虽然遭交州刺史杜慧度率军击败，但仍有三千余众，而先前作乱的前九真太守李逊余部李脱等人亦率五千人归附卢循，卢循于是再攻龙编，于6月1日至龙编南津。杜慧度尽散家财赏赐给士兵，与卢循作战，并对卢循的船舰掷火具，施以火攻。卢循军终溃败，卢循投海自杀，杜慧度捞起卢循尸体并斩首，联同其父卢嘏及李脱等人共七个首级送呈建康。至此，卢循之乱终结。
